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そうですねぇ、ファイルの種類ごとにフォルダに入れたほうが管理が楽です。一つのフォルダにすべてを入れると探すのが大変だったりします。
どのように分けるのかについては基本的に自由ですし、どのやり方が一番良いのかも人によって変わってきますが、参考までに私がやってる方法を記します。
ちなみにフォルダ名は自由につけてOKですよ。

index.htmlと同じ階層にimgフォルダ、cssフォルダを作ります。
CGIなどがある場合はcgi-boxというフォルダも作ります。
imgフォルダは文字通り画像などを入れますが、実際これ一つでも少ないので、その中にさらにsubというフォルダを作り、サブページ用のフォルダを作り、さらにその中に各ページ用のフォルダを作ります。
cssは作っても作らなくてもOKだと思いますが、私は必ず作ります。この中にはstyle.cssという各ページ共通のスタイルシートと、sub.css、ie6.cssを入れます。sub.cssは各下層ページ用のスタイルをまとめて記述しています。
ie6.cssは・・・・IE6のバグ対策用のファイルでIE6にだけ適用させるものを書いています。が、これは特に気にしなくてOKです。

フォルダを作れば当然パスが変わってきますので注意が必要です。
たとえば今までは <img src="photo.jpg" alt="">だったのが、
<img src="img/photo.jpg" alt="">とかになります。
ファイルの場所（パス）が変わるので、その分書き換える必要があります。

もし画像が表示されなくなった場合はほぼパスの記述間違いです。作ったフォルダ名を必ず追加しましょう。

ちなみにフォルダ名に使える文字は、
半角英数字、-(ハイフン）、_（アンダーバー）です。
日本語はもちろん×です！

フォルダはたんすや衣装ケースのようなものをイメージするとわかりやすいです。
たとえば衣装ケース一つにいろんなものを詰め込むと探すのが大変ですよね？＾＾；

衣装ケースの中にさらに各種類ごと（Tシャツやセーターなど）に名前を書いた箱を入れておくと探すのも楽になります。

基本的にフォルダはいくつ作ってもOKです！ただあまり作りすぎても管理が大変になりますので、その辺は考えながら行う必要があります。

要約すると、フォルダはいくらでも作れる。ただし、日本語はだめ。フォルダに入れれば当然パスは変わるので、画像の指定（<img ="・・・.jpg">部分も
（<img ="フォルダ名/・・・.jpg">へと変える必要がある。
これだけです＾＾

ちなみにフォルダを一つ上に上がるには../と記述します。

これはたとえば、cssフォルダ内のstyle.cssで画像を指定する場合、
cssフォルダ内のstyle.cssから見て、imgフォルダ内のphoto.jpgのパスは、../img/photo.jpgとなります。
(一つ上がってさらにimgフォルダ内のphoto.jpgを指定）

これらは相対パスと言います。
そのファイルから見た場所を指定することということです。
この辺の概念は難しくはないので、やっていくうちに簡単に理解できると思います。
私の説明が下手でわかりにくいとしたら・・・すみません・・・（汗

kurinekoさんのホームページどんどん充実していますね(^^♪
kurinekoさんは理解が早いので、これからもぜひがんばってくださいね！＾＾
またなにかあればいつでもご質問くださいね(^_-)-☆

管理人　沼田